Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 BRSK2-215ENST00000544817 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
CCDC112Q8NEF3 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MRPL2-202ENST00000388752 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TMEM8A-201ENST00000250930 2346 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CCDC112Q8NEF3 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms