Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 GALT-225ENST00000556403 568 ntTSL 410.46□□□□□ -0.735e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-205ENST00000472111 973 ntTSL 210.29□□□□□ -0.765e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-227ENST00000557541 595 ntTSL 510.11□□□□□ -0.795e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-214ENST00000554330 558 ntTSL 410□□□□□ -0.815e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-226ENST00000556494 864 ntTSL 59.93□□□□□ -0.825e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-204ENST00000468099 551 ntTSL 49.27□□□□□ -0.935e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-213ENST00000554139 858 ntTSL 59.06□□□□□ -0.965e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 GALT-217ENST00000554897 578 ntTSL 46.1□□□□□ -1.435e-13■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-215ENST00000478473 895 ntTSL 320.41■□□□□ 0.863e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-213ENST00000471978 478 ntTSL 219.36■□□□□ 0.693e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-206ENST00000428313 2288 ntTSL 1 (best)17.48■□□□□ 0.393e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.113e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-203ENST00000375315 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.313e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 C9orf3-211ENST00000463372 919 ntTSL 39.65□□□□□ -0.863e-7■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC13.44□□□□□ -0.261e-34■■■■□ 26.1
SF3A3Q12874 NAGK-225ENST00000529236 463 ntTSL 513.33□□□□□ -0.283e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 NAGK-215ENST00000479854 629 ntTSL 313.3□□□□□ -0.283e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 NAGK-214ENST00000478659 677 ntTSL 313.14□□□□□ -0.313e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 UBA5-206ENST00000468227 3902 ntTSL 21.6□□□□□ -2.154e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-209ENST00000566749 1490 ntTSL 522.2■■□□□ 1.141e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.111e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.91e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-204ENST00000562664 941 ntTSL 319.92■□□□□ 0.781e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-205ENST00000563200 1447 ntTSL 519.01■□□□□ 0.631e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.361e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 DDX56-207ENST00000448192 691 ntTSL 215.47■□□□□ 0.071e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 HGFAC-203ENST00000509689 1894 ntTSL 520.44■□□□□ 0.865e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 KIF2C-202ENST00000372224 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.521e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 KIF2C-201ENST00000372217 2955 ntTSL 1 (best) BASIC10.81□□□□□ -0.681e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 OBSL1-208ENST00000465149 5380 ntTSL 221.33■■□□□ 11e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.782e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.672e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.512e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-206ENST00000391983 2320 ntTSL 1 (best)23.92■■□□□ 1.422e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-201ENST00000270361 2453 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.222e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-209ENST00000416591 2514 ntTSL 1 (best)22.01■■□□□ 1.112e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-205ENST00000357048 2202 ntTSL 1 (best)20.76■□□□□ 0.912e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.242e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.052e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 CAPN10-216ENST00000494738 4406 ntTSL 212.93□□□□□ -0.342e-6■■■■□ 26
SF3A3Q12874 EPS8L2-213ENST00000529346 1718 ntTSL 221.94■■□□□ 1.19e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-217ENST00000528270 588 ntTSL 415.73■□□□□ 0.112e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-216ENST00000527846 585 ntTSL 415.48■□□□□ 0.072e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-222ENST00000531203 575 ntTSL 414.86□□□□□ -0.032e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-209ENST00000474459 814 ntTSL 414.84□□□□□ -0.032e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-223ENST00000531734 572 ntTSL 414.51□□□□□ -0.092e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-212ENST00000486282 582 ntTSL 414.23□□□□□ -0.132e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 AMPD2-206ENST00000459643 550 ntTSL 413.57□□□□□ -0.242e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 TMEM184A-210ENST00000468535 2843 ntTSL 218.91■□□□□ 0.621e-11■■■■□ 26
SF3A3Q12874 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.421e-11■■■■□ 26
SF3A3Q12874 TMEM184A-203ENST00000319018 4374 ntTSL 516.79■□□□□ 0.281e-11■■■■□ 26
SF3A3Q12874 TMEM184A-202ENST00000319010 866 ntTSL 514.53□□□□□ -0.081e-11■■■■□ 26
SF3A3Q12874 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.576e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.536e-7■■■■□ 26
SF3A3Q12874 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.447e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RCCD1-208ENST00000557266 2110 ntTSL 1 (best)23.92■■□□□ 1.427e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.187e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.947e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.919e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 SLC25A1-203ENST00000461267 804 ntTSL 319.98■□□□□ 0.798e-9■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RCCD1-204ENST00000555737 3157 ntTSL 1 (best)19.84■□□□□ 0.777e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.662e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RCCD1-205ENST00000556333 735 ntTSL 1 (best)18.63■□□□□ 0.577e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 DDX39A-204ENST00000586558 1127 ntTSL 217.7■□□□□ 0.427e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.342e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-213ENST00000493438 4602 ntTSL 216.65■□□□□ 0.262e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.252e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 EPHA2-201ENST00000358432 3964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.237e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 DDX39A-212ENST00000590260 988 ntTSL 216.32■□□□□ 0.27e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-208ENST00000534383 991 ntTSL 316.25■□□□□ 0.195e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 CTSB-229ENST00000533572 975 ntTSL 316.04■□□□□ 0.162e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 CTSB-233ENST00000534636 633 ntTSL 415.72■□□□□ 0.112e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-211ENST00000482648 5596 ntTSL 215.65■□□□□ 0.12e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 KIF22-205ENST00000563666 1603 ntTSL 515.43■□□□□ 0.064e-13■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.049e-8■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 NELFA-209ENST00000453740 738 ntTSL 315.08■□□□□ 07e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-208ENST00000469972 5817 ntTSL 1 (best)15.07■□□□□ 02e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-207ENST00000533281 375 ntTSL 214.9□□□□□ -0.025e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-203ENST00000317594 1567 ntTSL 1 (best)14.8□□□□□ -0.045e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-203ENST00000372062 3596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.15□□□□□ -0.142e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-205ENST00000413686 769 ntTSL 313.71□□□□□ -0.217e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-201ENST00000295065 4505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.337e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 CTSB-217ENST00000530296 561 ntTSL 412.83□□□□□ -0.362e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-209ENST00000490459 1242 ntTSL 212.73□□□□□ -0.377e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.46□□□□□ -0.415e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.477e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC12.03□□□□□ -0.485e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 TMEM63B-206ENST00000525873 807 ntTSL 211.86□□□□□ -0.514e-13■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 RALGDS-204ENST00000393157 3689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.2□□□□□ -0.622e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-202ENST00000292079 571 ntTSL 1 (best) BASIC10.8□□□□□ -0.685e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.74□□□□□ -0.695e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-201ENST00000260287 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.725e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-207ENST00000426310 1336 ntTSL 2 BASIC9.76□□□□□ -0.857e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 KIF22-204ENST00000563263 600 ntTSL 37.85□□□□□ -1.154e-13■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 FXYD2-206ENST00000532119 562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC7.42□□□□□ -1.225e-7■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 MEMO1-203ENST00000404530 1482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.85□□□□□ -1.317e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 DPY30-206ENST00000446765 1519 ntTSL 54.27□□□□□ -1.737e-6■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 AKAP8L-206ENST00000595087 796 ntTSL 27.77□□□□□ -1.178e-23■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 AKAP8L-217ENST00000600065 679 ntTSL 37.48□□□□□ -1.218e-23■■■■□ 25.9
SF3A3Q12874 TRRAP-201ENST00000355540 12590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.06□□□□□ -1.125e-7■■■■□ 25.9
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