Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TSPAN15-201ENST00000373290 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ABHD14A-ACY1-202ENST00000463937 1705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AC104417.2-201ENST00000562989 1793 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LIMA1Q9UHB6 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms