Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ZNF815P-204ENST00000434898 1737 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 EARS2-210ENST00000564501 2027 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 DNAJC11-201ENST00000294401 2210 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC022509.3-202ENST00000545819 566 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AL807752.2-201ENST00000435463 301 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PSMD6-201ENST00000295901 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CXorf49-202ENST00000535490 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CXorf49B-202ENST00000542739 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 NTRK1-206ENST00000524377 2432 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
USP28Q96RU2 PNCK-201ENST00000340888 1508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 HLA-G-201ENST00000360323 1427 ntAPPRIS P2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 NAT16-201ENST00000300303 2935 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 RFTN1-201ENST00000334133 2982 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
USP28Q96RU2 TRMU-202ENST00000381019 1381 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms