Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 WIPF2-202ENST00000394103 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 POLR2D-202ENST00000409698 806 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC116562.4-202ENST00000641738 218 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PRELID3A-201ENST00000336990 1715 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PRELID3A-202ENST00000440960 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TMEM175-220ENST00000515740 1514 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC099778.1-201ENST00000568593 1911 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SERPINH1-212ENST00000530284 1358 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TLCD1-202ENST00000394933 784 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SLC25A1P2-201ENST00000430693 912 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PSMB5-205ENST00000493471 1117 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 KRT8P41-201ENST00000533985 1514 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LMO4P61968 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ISM2-207ENST00000493585 1739 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 APTR-204ENST00000440088 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 BIRC2-206ENST00000530675 1927 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LMO4P61968 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 CYB561-204ENST00000448884 1496 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LMO4P61968 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SHBG-203ENST00000416273 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SHBG-215ENST00000575903 1196 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 SQSTM1-216ENST00000626660 274 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 PDLIM2-205ENST00000397761 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LMO4P61968 ZIC4-209ENST00000473123 1481 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms