Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS4AQ9UN37 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS4AQ9UN37 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS4AQ9UN37 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS4AQ9UN37 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS4AQ9UN37 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms