Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY72

SCN3B, Sodium channel subunit beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 215 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3BQ9NY72 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SCN3BQ9NY72 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
SCN3BQ9NY72 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SCN3BQ9NY72 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SCN3BQ9NY72 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SCN3BQ9NY72 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms