Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC34.07■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC34.07■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC34.07■■■■□ 3.05
SHANK3Q9BYB0 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.07■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC34.06■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
SHANK3Q9BYB0 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC33.98■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
SHANK3Q9BYB0 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC33.94■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
SHANK3Q9BYB0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC33.88■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC33.87■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.87■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC33.85■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC33.84■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
SHANK3Q9BYB0 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC33.82■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC33.81■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.81■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC33.8■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC33.78■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC33.78■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC33.77■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC33.77■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■■□ 3
SHANK3Q9BYB0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
SHANK3Q9BYB0 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
SHANK3Q9BYB0 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
SHANK3Q9BYB0 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.4 ms