Protein–RNA interactions for Protein: P06400

RB1, Retinoblastoma-associated protein, humanhuman

Predictions only

Length 928 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RB1P06400 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
RB1P06400 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
RB1P06400 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
RB1P06400 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
RB1P06400 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
RB1P06400 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
RB1P06400 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
RB1P06400 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
RB1P06400 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
RB1P06400 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
RB1P06400 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
RB1P06400 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
RB1P06400 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
RB1P06400 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
RB1P06400 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
RB1P06400 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
RB1P06400 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
RB1P06400 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
RB1P06400 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
RB1P06400 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
RB1P06400 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
RB1P06400 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
RB1P06400 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
RB1P06400 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
RB1P06400 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
RB1P06400 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
RB1P06400 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
RB1P06400 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
RB1P06400 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
RB1P06400 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
RB1P06400 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.56■■■□□ 2
RB1P06400 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
RB1P06400 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
RB1P06400 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
RB1P06400 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
RB1P06400 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
RB1P06400 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
RB1P06400 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
RB1P06400 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
RB1P06400 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
RB1P06400 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.53■■■□□ 2
RB1P06400 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
RB1P06400 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
RB1P06400 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
RB1P06400 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
RB1P06400 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
RB1P06400 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
RB1P06400 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RB1P06400 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
RB1P06400 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
RB1P06400 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
RB1P06400 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
RB1P06400 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
RB1P06400 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
RB1P06400 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
RB1P06400 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
RB1P06400 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
RB1P06400 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
RB1P06400 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
RB1P06400 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
RB1P06400 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
RB1P06400 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
RB1P06400 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
RB1P06400 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
RB1P06400 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
RB1P06400 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
RB1P06400 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
RB1P06400 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
RB1P06400 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
RB1P06400 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
RB1P06400 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
RB1P06400 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
RB1P06400 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
RB1P06400 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
RB1P06400 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
RB1P06400 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
RB1P06400 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
RB1P06400 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
RB1P06400 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
RB1P06400 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
RB1P06400 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
RB1P06400 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
RB1P06400 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
RB1P06400 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
RB1P06400 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms