Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN9AQ15858 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AKT1-211ENST00000554848 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 STX18-201ENST00000306200 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AL158151.3-201ENST00000599172 696 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 WWOX-205ENST00000539474 1670 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC093458.2-201ENST00000623150 629 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 CCNC-207ENST00000518714 1426 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 KRT17-205ENST00000540235 1438 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC138207.7-201ENST00000584499 668 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 C10orf142-201ENST00000619243 1110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 C12orf42-205ENST00000548048 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TRPT1-202ENST00000394546 1058 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TRPT1-210ENST00000541278 941 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AL132780.2-201ENST00000557615 1021 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 IL15-208ENST00000529613 1355 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 AC074183.1-201ENST00000439105 782 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 ANKRD29-201ENST00000322980 1658 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 RTBDN-202ENST00000393233 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SCN9AQ15858 HIGD1A-204ENST00000452906 585 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
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