Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 Z99916.2-201ENST00000604037 246 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP4CQ96CF2 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SLC22A17-211ENST00000637426 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RAB34-204ENST00000395245 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TMEM191B-203ENST00000613597 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RANBP10-201ENST00000317506 5341 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RANBP10-209ENST00000630626 5305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 FAM216A-201ENST00000377673 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP4CQ96CF2 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms