Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.684e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.414e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 SPAG4-206ENST00000468248 1181 ntTSL 519.96■□□□□ 0.794e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.324e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 SPAG4-207ENST00000498203 687 ntTSL 515.91■□□□□ 0.144e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-206ENST00000571088 4105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.023e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-209ENST00000576351 2525 ntTSL 5 BASIC14.29□□□□□ -0.123e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-208ENST00000574085 2644 ntTSL 213.94□□□□□ -0.183e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-201ENST00000310522 2340 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-204ENST00000425167 2607 ntTSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.223e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-202ENST00000399756 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.21□□□□□ -0.613e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 TRPV1-203ENST00000399759 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.29□□□□□ -0.763e-6■■■■■ 27
SF3A3Q12874 SPAG4-203ENST00000454819 827 ntTSL 39.02□□□□□ -0.974e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 VEGFA-215ENST00000497139 2746 ntTSL 1 (best)14□□□□□ -0.171e-11■■■■■ 27
SF3A3Q12874 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.192e-7■■■■■ 27
SF3A3Q12874 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.731e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.371e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.911e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.381e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-222ENST00000568883 1863 ntTSL 5 BASIC13.29□□□□□ -0.281e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-202ENST00000335181 2318 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 PKM-219ENST00000567118 2254 ntTSL 211.77□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 ENTPD6-217ENST00000485936 2588 ntTSL 216.76■□□□□ 0.273e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.962e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.735e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-225ENST00000576225 2316 ntTSL 219.28■□□□□ 0.685e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.475e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 B4GALNT4-204ENST00000530717 409 ntTSL 317.52■□□□□ 0.42e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-230ENST00000577097 1014 ntTSL 317.02■□□□□ 0.325e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.275e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 NUDT16L1-203ENST00000586252 922 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 NUDT16L1-205ENST00000590460 709 ntTSL 316.42■□□□□ 0.222e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-209ENST00000572329 2133 ntTSL 215.92■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.145e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.025e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-202ENST00000321300 2879 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.115e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-208ENST00000572073 782 ntTSL 313.68□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-214ENST00000573677 646 ntTSL 413.22□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 IPO13-202ENST00000372343 3894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-218ENST00000574804 631 ntTSL 311.81□□□□□ -0.525e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-223ENST00000575958 567 ntTSL 410.67□□□□□ -0.75e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSH5-214ENST00000468602 637 ntTSL 310.46□□□□□ -0.735e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-215ENST00000573894 657 ntTSL 310.33□□□□□ -0.765e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-226ENST00000576364 542 ntTSL 59.57□□□□□ -0.885e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-212ENST00000573017 574 ntTSL 47.08□□□□□ -1.285e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-213ENST00000573659 578 ntTSL 47.06□□□□□ -1.285e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 BAIAP2-211ENST00000572918 626 ntTSL 46.65□□□□□ -1.345e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.242e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 VWCE-201ENST00000301770 3368 ntTSL 1 (best)16.21■□□□□ 0.182e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 VWCE-208ENST00000613271 3032 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.252e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 26.9
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SF3A3Q12874 YPEL3-206ENST00000565479 865 ntTSL 517.15■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.312e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-207ENST00000566134 761 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-210ENST00000568674 371 ntTSL 215.53■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.88□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 YPEL3-212ENST00000570099 669 ntTSL 39.7□□□□□ -0.862e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MTG1-204ENST00000473735 2212 ntTSL 522.99■■□□□ 1.275e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.355e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.285e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MTG1-202ENST00000432508 953 ntTSL 215.83■□□□□ 0.125e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.115e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MTG1-203ENST00000460848 2730 ntTSL 215.37■□□□□ 0.055e-11■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-216ENST00000490743 2346 ntTSL 1 (best)17.73■□□□□ 0.431e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-218ENST00000494995 2406 ntTSL 216.48■□□□□ 0.231e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.051e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.051e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-212ENST00000483734 2490 ntTSL 1 (best)12.51□□□□□ -0.411e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-209ENST00000475253 821 ntTSL 311.07□□□□□ -0.641e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 MSTO1-206ENST00000466815 860 ntTSL 29.6□□□□□ -0.871e-10■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 TBCD-205ENST00000571618 775 ntTSL 38.62□□□□□ -1.032e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-202ENST00000397415 1702 ntTSL 1 (best)12.65□□□□□ -0.388e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-208ENST00000493763 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.46□□□□□ -1.058e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-205ENST00000483998 1103 ntTSL 57.65□□□□□ -1.188e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-201ENST00000304734 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.48□□□□□ -1.218e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-210ENST00000602561 703 ntTSL 25.97□□□□□ -1.458e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 RPL7L1-204ENST00000462348 702 ntTSL 35.21□□□□□ -1.588e-7■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 ATP13A1-205ENST00000469641 4241 ntTSL 211.81□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 26.9
SF3A3Q12874 ARHGEF10L-205ENST00000466782 482 ntTSL 36.58□□□□□ -1.366e-9■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 11e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.651e-6■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.486e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 APBA3-203ENST00000588984 1779 ntTSL 220.82■□□□□ 0.926e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 APBA3-208ENST00000592826 577 ntTSL 220.25■□□□□ 0.836e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 APBA3-205ENST00000590064 4250 ntTSL 1 (best)18.09■□□□□ 0.496e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.36e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 USP4-212ENST00000486549 749 ntTSL 513.44□□□□□ -0.266e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 USP4-205ENST00000431357 2141 ntTSL 511.95□□□□□ -0.56e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 USP4-202ENST00000351842 3222 ntTSL 1 (best) BASIC9.2□□□□□ -0.946e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 USP4-211ENST00000485450 3541 ntTSL 28.03□□□□□ -1.126e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 snoU2-30.1-201ENST00000365012 70 ntBASIC1.71□□□□□ -2.142e-59■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 PFKL-205ENST00000466134 5986 ntTSL 222.4■■□□□ 1.186e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.646e-7■■■■■ 26.8
SF3A3Q12874 PFKL-202ENST00000397961 3390 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.246e-7■■■■■ 26.8
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