Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 FOSL1-204ENST00000532401 1132 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC16.9■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.3
CHD3Q12873 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TSPAN4-209ENST00000409543 1031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 OTUB1-210ENST00000541478 1803 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
CHD3Q12873 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
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