Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KCNC4-203ENST00000413138 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 KRT16P3-203ENST00000580621 1939 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-253ENST00000637927 6847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 PWWP2AP1-201ENST00000429776 2273 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
RPUSD4Q96CM3 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms