Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ACD-201ENST00000219251 2052 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC39Q9UFE4 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
CCDC39Q9UFE4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms