Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USF1P22415 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USF1P22415 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USF1P22415 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USF1P22415 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
USF1P22415 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USF1P22415 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF1P22415 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF1P22415 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF1P22415 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF1P22415 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USF1P22415 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms