Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG1P18858 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIG1P18858 DMRT2-204ENST00000382251 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MYEOV-202ENST00000441339 1996 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG1P18858 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MATN4-202ENST00000360607 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GTF2IRD2B-210ENST00000629105 1910 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG1P18858 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG1P18858 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms