Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
LIMA1Q9UHB6 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 DHRS3-204ENST00000616661 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KSR1-205ENST00000509603 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CFP-201ENST00000247153 1713 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
LIMA1Q9UHB6 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms