Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 GTF3C5-203ENST00000372099 1999 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC140Q96MF4 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EPS8L1-203ENST00000540810 2360 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EMC8-202ENST00000435200 1935 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RBM14-RBM4-201ENST00000412278 1566 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 TPCN2-208ENST00000637342 2856 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C17orf58-201ENST00000334461 1535 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PML-204ENST00000359928 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SSBP2-218ENST00000514493 1790 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PRR16-201ENST00000379551 1826 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RAB5C-202ENST00000393860 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PFKFB3-217ENST00000626882 1965 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.4 ms