Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD9-205ENST00000419706 2034 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 EGFEM1P-209ENST00000502332 728 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 NDRG2-215ENST00000553503 2162 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf58-204ENST00000580729 2065 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SYNE3Q6ZMZ3 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 CPLX3-201ENST00000395018 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN11-201ENST00000314675 2254 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SYNE3Q6ZMZ3 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms