Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 NT5C1A-201ENST00000235628 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PHYHD1-207ENST00000421063 1182 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AMN1-211ENST00000541931 880 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TRAK2-202ENST00000430254 1436 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
CUX1P39880 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 NOL3-204ENST00000564053 1592 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
CUX1P39880 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ST3GAL4-203ENST00000392669 1724 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
CUX1P39880 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CCAR2-214ENST00000613179 1421 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC091390.4-202ENST00000476426 537 ntBASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 POLR1D-203ENST00000399697 2036 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TMEM25-203ENST00000354284 1456 ntTSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 MUC1-212ENST00000457295 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 AC008040.2-201ENST00000461049 708 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
CUX1P39880 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
CUX1P39880 CENPA-201ENST00000233505 1299 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 ASH1L-AS1-202ENST00000456633 911 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 FP565260.3-205ENST00000620481 816 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 HLA-A-209ENST00000638375 975 ntBASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AC115618.1-201ENST00000376775 549 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 HMGA1P5-201ENST00000412453 271 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 DCTN3-209ENST00000477738 713 ntTSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 ZNF599-203ENST00000588760 948 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 SYT15-205ENST00000503753 1331 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AC018553.1-201ENST00000616682 1458 ntBASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 HOXD11-201ENST00000249504 1533 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 WWOX-202ENST00000402655 1594 ntTSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AUP1-201ENST00000377526 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
CUX1P39880 CCDC124-201ENST00000445755 938 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.49■■■□□ 2.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms