Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.6■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC30.59■■■□□ 2.49
LIMCH1Q9UPQ0 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.57■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC30.56■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC30.55■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.54■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.54■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.53■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.52■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.48
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.47■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.46■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC30.45■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.47
LIMCH1Q9UPQ0 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.43■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
LIMCH1Q9UPQ0 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC30.35■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
LIMCH1Q9UPQ0 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms