Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SCN3AQ9NY46 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN3AQ9NY46 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SCN3AQ9NY46 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SCN3AQ9NY46 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SCN3AQ9NY46 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SCN3AQ9NY46 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms