Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
KLHL28Q9NXS3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
KLHL28Q9NXS3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
KLHL28Q9NXS3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.86■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
KLHL28Q9NXS3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
KLHL28Q9NXS3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms