Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC3Q9BQI4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC3Q9BQI4 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC3Q9BQI4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC3Q9BQI4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC3Q9BQI4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC3Q9BQI4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms