Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4M1

SLC44A3, Choline transporter-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 653 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A3Q8N4M1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SLC44A3Q8N4M1 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SLC44A3Q8N4M1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SLC44A3Q8N4M1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SLC44A3Q8N4M1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
SLC44A3Q8N4M1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
SLC44A3Q8N4M1 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
SLC44A3Q8N4M1 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms