Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA4Q00056 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA4Q00056 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
HOXA4Q00056 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXA4Q00056 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXA4Q00056 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms