Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COPB1P53618 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COPB1P53618 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COPB1P53618 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COPB1P53618 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COPB1P53618 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COPB1P53618 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COPB1P53618 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COPB1P53618 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COPB1P53618 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COPB1P53618 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COPB1P53618 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COPB1P53618 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COPB1P53618 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COPB1P53618 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COPB1P53618 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COPB1P53618 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COPB1P53618 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COPB1P53618 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COPB1P53618 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COPB1P53618 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COPB1P53618 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COPB1P53618 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COPB1P53618 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COPB1P53618 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COPB1P53618 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COPB1P53618 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COPB1P53618 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COPB1P53618 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COPB1P53618 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COPB1P53618 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COPB1P53618 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COPB1P53618 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COPB1P53618 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COPB1P53618 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COPB1P53618 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COPB1P53618 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COPB1P53618 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COPB1P53618 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COPB1P53618 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COPB1P53618 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COPB1P53618 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COPB1P53618 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COPB1P53618 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COPB1P53618 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COPB1P53618 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COPB1P53618 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COPB1P53618 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COPB1P53618 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COPB1P53618 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
COPB1P53618 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COPB1P53618 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COPB1P53618 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COPB1P53618 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COPB1P53618 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COPB1P53618 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COPB1P53618 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COPB1P53618 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COPB1P53618 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COPB1P53618 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
COPB1P53618 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COPB1P53618 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COPB1P53618 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COPB1P53618 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COPB1P53618 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COPB1P53618 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
COPB1P53618 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COPB1P53618 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COPB1P53618 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COPB1P53618 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COPB1P53618 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COPB1P53618 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
COPB1P53618 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COPB1P53618 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COPB1P53618 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COPB1P53618 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COPB1P53618 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COPB1P53618 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COPB1P53618 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COPB1P53618 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COPB1P53618 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
COPB1P53618 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COPB1P53618 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms