Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.27■■■■□ 3.24
COL18A1P39060 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC35.25■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC35.24■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC35.24■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC35.2■■■■□ 3.23
COL18A1P39060 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.2■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
COL18A1P39060 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC35.13■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC35.1■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.1■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.08■■■■□ 3.21
COL18A1P39060 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC35.06■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
COL18A1P39060 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC35■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
COL18A1P39060 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC34.95■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.93■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.92■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC34.92■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC34.92■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC34.92■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC34.91■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
COL18A1P39060 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.84■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC34.84■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC34.82■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC34.82■■■■□ 3.17
COL18A1P39060 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
COL18A1P39060 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC34.81■■■■□ 3.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.9 ms