Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
HOXD3P31249 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
HOXD3P31249 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXD3P31249 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXD3P31249 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXD3P31249 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms