Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC33.64■■■□□ 2.98
COL5A3P25940 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC33.59■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
COL5A3P25940 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC33.55■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
COL5A3P25940 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.51■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC33.5■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.48■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.47■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC33.45■■■□□ 2.95
COL5A3P25940 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC33.42■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC33.41■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.39■■■□□ 2.94
COL5A3P25940 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.36■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC33.35■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
COL5A3P25940 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC33.31■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC33.3■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
COL5A3P25940 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.4 ms