Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL9A1P20849 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL9A1P20849 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL9A1P20849 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL9A1P20849 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL9A1P20849 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL9A1P20849 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL9A1P20849 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms