Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL6A1P12109 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A1P12109 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
COL6A1P12109 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL6A1P12109 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.24
COL6A1P12109 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A1P12109 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms