Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 B4GALNT1-208ENST00000550764 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms