Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 NSDHL-201ENST00000370274 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SYNE3Q6ZMZ3 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SYNE3Q6ZMZ3 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms