Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AZIN1-AS1-214ENST00000522850 473 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 HOMER2P1-201ENST00000455653 964 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CTCFP49711 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 KRT17P2-202ENST00000326333 1174 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 DGCR10-201ENST00000609839 495 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CTCFP49711 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CTCFP49711 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC130371.2-201ENST00000619443 611 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 CENPH-206ENST00000515001 1305 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CTCFP49711 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms