Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 UBE2F-205ENST00000414443 2100 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 LIMS2-207ENST00000409808 2315 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SAXO1-202ENST00000380534 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.07■□□□□ 0.64
SDC1P18827 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ACADVL-203ENST00000356839 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 LPAR2-202ENST00000542587 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
SDC1P18827 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms