Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
TRERF1Q96PN7 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 POMC-201ENST00000264708 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TRERF1Q96PN7 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms