Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CTBP2-205ENST00000411419 2036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN1BQ07699 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.9 ms