Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 GLDC-219ENST00000640208 420 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 SLC35E2-201ENST00000246421 1430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC87Q9NVE4 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 HLA-G-202ENST00000376815 851 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 HLA-G-203ENST00000376818 1127 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms