Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 NXNL2-202ENST00000375855 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TSPY7P-201ENST00000431358 1114 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TSPY1-202ENST00000451548 1160 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 NDUFA13-203ENST00000503283 825 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRIM28Q13263 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 AP2M1-203ENST00000411763 1577 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 LINC01505-207ENST00000637185 1540 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRIM28Q13263 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
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