Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
CUX1P39880 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
CUX1P39880 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
CUX1P39880 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AC010203.1-204ENST00000548782 407 ntBASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
CUX1P39880 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ZNF582-202ENST00000586929 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RPH3AL-203ENST00000536489 1235 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AATK-AS1-203ENST00000637878 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 PCDHB12-203ENST00000624949 1963 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
CUX1P39880 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
CUX1P39880 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
CUX1P39880 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
CUX1P39880 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CUX1P39880 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
CUX1P39880 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CUX1P39880 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CUX1P39880 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CUX1P39880 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
CUX1P39880 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 LRRC75A-AS1-205ENST00000475953 1201 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
CUX1P39880 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CUX1P39880 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CUX1P39880 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
CUX1P39880 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
CUX1P39880 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
CUX1P39880 ZNF771-202ENST00000434417 1454 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms