Protein–RNA interactions for Protein: P19447

ERCC3, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit, humanhuman

Predictions only

Length 782 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC3P19447 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 C20orf27-201ENST00000217195 1302 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
ERCC3P19447 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 AL135905.2-201ENST00000584934 1404 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 HES2-206ENST00000489730 730 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
ERCC3P19447 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms