Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
SYNE3Q6ZMZ3 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ADRA1B-201ENST00000306675 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SYNE3Q6ZMZ3 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms