Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 TRIM73-205ENST00000450434 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CHD9Q3L8U1 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 HSD11B1L-221ENST00000583928 1319 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AP006284.1-202ENST00000527113 527 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ASRGL1-211ENST00000628829 1161 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHD9Q3L8U1 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
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