Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ELAVL3-202ENST00000438662 1223 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 FAM167A-207ENST00000534308 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 TTLL7-214ENST00000610996 2028 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
CHD3Q12873 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms