Protein–RNA interactions for Protein: P42858

HTT, Huntingtin, humanhuman

Predictions only

Length 3,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HTTP42858 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HTTP42858 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HTTP42858 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HTTP42858 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HTTP42858 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
HTTP42858 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HTTP42858 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 SLC25A1P4-201ENST00000567977 778 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
HTTP42858 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 GPM6B-204ENST00000398361 1033 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
HTTP42858 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 PTMS-201ENST00000309083 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HTTP42858 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HTTP42858 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HTTP42858 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms