Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 EDA-208ENST00000524573 1381 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY8-201ENST00000287721 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY10-201ENST00000428845 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TSPY3-203ENST00000457222 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LSM4-203ENST00000593829 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AMDHD2-201ENST00000293971 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 PLLP-201ENST00000219207 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL6A1P12109 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms