Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 NPL-201ENST00000258317 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.57□□□□□ -1.042e-7■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 CYFIP2-221ENST00000618329 4256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.3□□□□□ -1.082e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 PDLIM5-204ENST00000380176 3098 ntTSL 1 (best)8.17□□□□□ -1.12e-9■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 CYFIP2-210ENST00000522463 3477 ntTSL 2 BASIC8.17□□□□□ -1.12e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 NPL-202ENST00000367552 745 ntTSL 1 (best) BASIC8.17□□□□□ -1.12e-7■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 PRIM2-207ENST00000615550 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.97□□□□□ -1.132e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 KIF1B-203ENST00000377083 5885 ntTSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 CYFIP2-201ENST00000435847 3673 ntTSL 2 BASIC7.86□□□□□ -1.152e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 NPL-212ENST00000614468 2376 ntTSL 5 BASIC7.07□□□□□ -1.282e-7■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 DMD-202ENST00000343523 5623 ntTSL 5 BASIC6.78□□□□□ -1.322e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 PNISR-209ENST00000492294 652 ntTSL 36.51□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 RABGAP1-212ENST00000493854 575 ntTSL 45.99□□□□□ -1.452e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 PNISR-210ENST00000498075 1027 ntTSL 1 (best)5.65□□□□□ -1.512e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 PNISR-205ENST00000466057 2850 ntTSL 1 (best)5.13□□□□□ -1.592e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 FAM185A-207ENST00000487807 582 ntTSL 24.21□□□□□ -1.742e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 TUBD1-207ENST00000587476 825 ntTSL 34.02□□□□□ -1.772e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 TMEM87B-205ENST00000471632 583 ntTSL 33.91□□□□□ -1.784e-18■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 RABGAP1-209ENST00000475607 564 ntTSL 43.55□□□□□ -1.842e-6■■■■■ 149.3
SF3B1O75533 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.831e-6■■■■■ 149.2
SF3B1O75533 CD81-211ENST00000524805 982 ntTSL 519.5■□□□□ 0.711e-6■■■■■ 149.2
SF3B1O75533 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 149.2
SF3B1O75533 ACVR1-207ENST00000434821 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.12□□□□□ -0.473e-8■■■■■ 149.2
SF3B1O75533 ACVR1-201ENST00000263640 3047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.64□□□□□ -1.033e-8■■■■■ 149.2
SF3B1O75533 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.23e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZGPAT-207ENST00000468235 594 ntTSL 1 (best)20.22■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.672e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZDHHC14-202ENST00000341375 1934 ntTSL 1 (best)18.29■□□□□ 0.522e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.512e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC16.79■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.113e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.013e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 POLD1-205ENST00000595904 3402 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZDHHC14-209ENST00000523706 5146 ntTSL 213.52□□□□□ -0.242e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 AP1M1-203ENST00000444449 2311 ntTSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.272e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZNF148-206ENST00000485866 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.9□□□□□ -0.343e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZNF148-205ENST00000484491 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.56□□□□□ -0.43e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 AC025283.2-202ENST00000575785 560 ntTSL 412.49□□□□□ -0.414e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZDHHC14-207ENST00000518214 861 ntTSL 311.83□□□□□ -0.522e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 VPS8-225ENST00000492449 2980 ntTSL 1 (best)10.16□□□□□ -0.782e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZNF148-207ENST00000492394 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.11□□□□□ -0.793e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZDHHC14-201ENST00000340347 328 ntTSL 59.22□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 CLEC16A-212ENST00000494853 1010 ntTSL 38.27□□□□□ -1.092e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 AP1M1-201ENST00000291439 13193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.91□□□□□ -1.142e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 ZNF148-201ENST00000360647 9651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.243e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 DENND4C-208ENST00000602708 551 ntTSL 40.66□□□□□ -2.31e-6■■■■■ 149.1
SF3B1O75533 SENP7-202ENST00000348610 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 SENP7-205ENST00000394091 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.88□□□□□ -1.952e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 SENP7-206ENST00000394094 4703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC2.42□□□□□ -2.022e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 SENP7-207ENST00000394095 4945 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC1.25□□□□□ -2.212e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 SENP7-201ENST00000314261 4736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC1.18□□□□□ -2.222e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 FDXR-216ENST00000582710 846 ntTSL 521.41■■□□□ 1.022e-6■■■■■ 149
SF3B1O75533 TCIRG1-215ENST00000533947 956 ntTSL 523.1■■□□□ 1.299e-7■■■■■ 148.9
SF3B1O75533 TCIRG1-216ENST00000534673 848 ntTSL 322.62■■□□□ 1.219e-7■■■■■ 148.9
SF3B1O75533 TCIRG1-209ENST00000529657 842 ntTSL 522.34■■□□□ 1.179e-7■■■■■ 148.9
SF3B1O75533 TCIRG1-202ENST00000524598 940 ntTSL 520.02■□□□□ 0.799e-7■■■■■ 148.9
SF3B1O75533 PLOD1-208ENST00000485046 991 ntTSL 515.78■□□□□ 0.122e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.263e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.133e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.133e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.063e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 SMARCA4-219ENST00000592604 2940 ntTSL 1 (best)15.28■□□□□ 0.045e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 SMARCA4-208ENST00000585799 3842 ntTSL 212.68□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 SMARCA4-217ENST00000591595 3377 ntTSL 212.45□□□□□ -0.425e-6■■■■■ 148.7
SF3B1O75533 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.741e-6■■■■■ 148.6
SF3B1O75533 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.321e-6■■■■■ 148.6
SF3B1O75533 UBAC2-201ENST00000355700 748 ntTSL 318.71■□□□□ 0.592e-6■■■■■ 148.6
SF3B1O75533 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.492e-6■■■■■ 148.6
SF3B1O75533 STK40-205ENST00000460017 511 ntTSL 521.66■■□□□ 1.061e-6■■■■■ 148.5
SF3B1O75533 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.678e-9■■■■■ 148.5
SF3B1O75533 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.188e-9■■■■■ 148.5
SF3B1O75533 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.094e-6■■■■■ 148.3
SF3B1O75533 EXOC6-202ENST00000371543 2714 ntTSL 2 BASIC11.03□□□□□ -0.644e-6■■■■■ 148.3
SF3B1O75533 PDXK-207ENST00000438837 342 ntTSL 39.96□□□□□ -0.824e-6■■■■■ 148.3
SF3B1O75533 MSN-206ENST00000609672 568 ntTSL 413.87□□□□□ -0.192e-6■■■■■ 148.2
SF3B1O75533 HFM1-201ENST00000370425 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.43□□□□□ -2.182e-6■■■■■ 148.2
SF3B1O75533 OSBPL5-205ENST00000465323 674 ntTSL 222.68■■□□□ 1.225e-6■■■■■ 148.1
SF3B1O75533 OSBPL5-215ENST00000533234 554 ntTSL 418.68■□□□□ 0.585e-6■■■■■ 148.1
SF3B1O75533 OSBPL5-216ENST00000533721 774 ntTSL 415.08■□□□□ 05e-6■■■■■ 148.1
SF3B1O75533 OSBPL5-213ENST00000530372 575 ntTSL 413.37□□□□□ -0.275e-6■■■■■ 148.1
SF3B1O75533 TFDP1-203ENST00000453989 792 ntTSL 326.14■■□□□ 1.776e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 TFDP1-202ENST00000408980 866 ntTSL 525.2■■□□□ 1.626e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 TFDP1-208ENST00000544902 1571 ntTSL 224.02■■□□□ 1.446e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 TFDP1-206ENST00000475254 804 ntTSL 320.46■□□□□ 0.876e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 TFDP1-201ENST00000375370 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.016e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 TFDP1-205ENST00000465174 955 ntTSL 314.89□□□□□ -0.036e-6■■■■■ 148
SF3B1O75533 MAD1L1-207ENST00000429779 555 ntTSL 420.91■□□□□ 0.941e-7■■■■■ 148
SF3B1O75533 LARP1B-206ENST00000507259 1513 ntTSL 1 (best)9.08□□□□□ -0.966e-8■■■■■ 147.9
SF3B1O75533 PITPNA-210ENST00000576722 793 ntTSL 330.35■■■□□ 2.453e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PITPNA-207ENST00000575288 1264 ntTSL 229.89■■■□□ 2.383e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PITPNA-211ENST00000576761 589 ntTSL 428.38■■■□□ 2.133e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PITPNA-209ENST00000576010 573 ntTSL 528.38■■■□□ 2.133e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.653e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.43e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.243e-6■■■■■ 147.8
SF3B1O75533 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.163e-6■■■■■ 147.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1209.6 ms