Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SHE-201ENST00000304760 6243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXA1P49639 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms